Rozporządzenie określa typy siedlisk przyrodniczych oraz gatunki będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, w tym siedliska przyrodnicze i gatunki o znaczeniu priorytetowym, oraz wymagające ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000, a także kryteria wyboru obszarów kwalifikujących się do uznania za obszary mające znaczenie dla Wspólnoty i wyznaczenia jako specjalne obszary ochrony siedlisk oraz obszarów kwalifikujących się do wyznaczenia jako obszary specjalnej ochrony ptaków.
Typy siedlisk przyrodniczych będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, które wymagają ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000, ze wskazaniem typów siedlisk przyrodniczych o znaczeniu priorytetowym, są określone w załączniku nr 1 do rozporządzenia.
Gatunki zwierząt będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, ze wskazaniem tych, które wymagają ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000, oraz gatunków zwierząt o znaczeniu priorytetowym, są określone w załączniku nr 2 do rozporządzenia.
Gatunki roślin będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, ze wskazaniem tych, które wymagają ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000, oraz gatunków roślin o znaczeniu priorytetowym, są określone w załączniku nr 3 do rozporządzenia.
Kryteria wyboru obszarów kwalifikujących się do uznania za obszary mające znaczenie dla Wspólnoty i wyznaczenia jako specjalne obszary ochrony siedlisk Natura 2000 są następujące:
1) występowanie typu siedliska przyrodniczego wymienionego w załączniku nr 1 do rozporządzenia, uwzględniając:
a) priorytetowe znaczenie typu siedliska przyrodniczego,
b) zachowanie pełnej zmienności danego typu siedliska przyrodniczego,
c) wielkości krajowych zasobów typu siedliska przyrodniczego i ich rozmieszczenia,
d) podatność typu siedliska przyrodniczego na proces degradacji,
e) znaczenie obszaru Natura 2000 dla zachowania typu siedliska przyrodniczego w kraju, uwzględniając: - stopień reprezentatywności i wykształcenia siedliska przyrodniczego na obszarze, - powierzchnię zajmowaną przez siedlisko przyrodnicze na obszarze w stosunku do całkowitej powierzchni tego typu siedliska przyrodniczego na obszarze kraju, - stan zachowania struktury i funkcji siedliska przyrodniczego na obszarze lub możliwość jego renaturyzacji, - istniejące i potencjalne zagrożenia powodujące utratę wartości przyrodniczych siedliska;
2) występowanie gatunków wymienionych w załącznikach nr 2 i 3 do rozporządzenia, uwzględniając:
a) priorytetowe znaczenie gatunku,
b) rozmieszczenie gatunku na obszarze kraju,
c) znaczenie obszaru dla zachowania gatunków roślin i zwierząt w kraju, uwzględniając: - wielkość i zagęszczenie lokalnej populacji gatunku w stosunku do populacji krajowej, - stan zachowania cech siedliska ważnych dla gatunku oraz możliwość renaturyzacji zdegradowanych siedlisk gatunku, - stopień izolacji lokalnej populacji gatunku w stosunku do naturalnego zasięgu gatunku, - istniejące i potencjalne zagrożenia dla lokalnej populacji gatunku i jego siedliska powodujące utratę ich wartości przyrodniczych,
d) znaczenie obszaru dla przemieszczania się gatunków, uwzględniając jego: - położenie na trasie wędrówek innych gatunków niż wymienione w załącznikach nr 2 i 3 do rozporządzenia, - funkcjonowanie jako korytarza ekologicznego łączącego inne obszary istotne dla ochrony siedlisk gatunków, w szczególności gatunków priorytetowych, wymienionych w załącznikach nr 2 i 3 do rozporządzenia;
3) powierzchnia obszaru, która powinna umożliwiać skuteczne i trwałe zachowanie siedlisk przyrodniczych i gatunków, dla których ochrony ten obszar się wyznacza, przy czym:
a) w odniesieniu do siedlisk przyrodniczych wymienionych w załączniku nr 1 do rozporządzenia powierzchnia ta powinna obejmować reprezentatywne występowanie wszystkich stwierdzonych na obszarze siedlisk przyrodniczych,
b) w odniesieniu do gatunków wymienionych w załącznikach nr 2 i 3 do rozporządzenia powierzchnia powinna obejmować całą przestrzeń życiową stabilnych, rozmnażających się lokalnych populacji tych gatunków lub kluczowe dla ich ochrony miejsca występowania, w szczególności miejsca rozrodu, żerowiska, zimowiska i miejsca odpoczynku także w czasie migracji;
4) współwystępowanie typów siedlisk przyrodniczych i gatunków wymienionych w załącznikach do rozporządzenia;
5) powiązanie obszaru z innymi obszarami ważnymi dla ochrony siedlisk gatunków i siedlisk przyrodniczych wymienionych w załączniku nr 1 do rozporządzenia, w szczególności z innymi obszarami Natura 2000 lub innymi formami ochrony przyrody.
Kryteria wyboru obszarów kwalifikujących się do wyznaczenia jako obszary specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 są następujące:
a) regularne występowanie co najmniej 1% krajowej lęgowej populacji gatunku lub
b) regularne występowanie co najmniej 1% przelotnej populacji gatunku wędrownego, lub
c) regularne występowanie co najmniej 20 000 osobników jednego lub wielu gatunków wędrownych ptaków wodno-błotnych podczas wędrówek lub zimowania lub co najmniej 10 000 par jednego lub wielu wędrownych gatunków ptaków morskich, lub
d) regularne występowanie w sumie co najmniej 5000 bocianów białych lub 3000 żurawi, lub 3000 ptaków drapieżnych w ciągu całego okresu migracji wiosennej lub jesiennej, lub
e) przynależność obszaru do jednego z 10 najważniejszych krajowych obszarów gniazdowania gatunków zagrożonych na obszarze państw członkowskich Unii Europejskiej lub regularne występowanie gatunku zagrożonego w skali globalnej; 2) powierzchnia obszaru, która powinna zapewniać trwałe występowanie populacji gatunków oraz obejmować przestrzeń życiową stabilnych, rozmnażających się lokalnych populacji gatunków, dla których ochrony obszar ten ma być wyznaczony, lub kluczowe dla ochrony tych gatunków miejsca ich występowania;
3) znaczenie obszaru dla przemieszczania się ptaków określonych w załączniku nr 2 do rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 12 stycznia 2011 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków, a w szczególności jego położenie na trasie przelotów gatunków wędrownych.
Rozporządzenie wchodzi w życie po upływie 14 dni od dnia ogłoszenia.